O protagonista do filme é Mewtwo que é criado em laboratório pelos cientistas como clone do Pokémon Mew, cujo qual foi encontrado um fóssil na Amazônia. Depois disso Mewtwo desperta e destrói o laboratório com os cientistas e quer derrotar Mew. Para isso ele faz dele uma ilha, a mesma onde ele foi criado, e assim convida os melhores treinadores do mundo para participar de um evento.
Ash no começo do filme luta contra um pirata e ganha, e depois recebe o convite para participar do torneio Pokémon contra o melhor treinador do mundo. Porém começa a chover e a travessia para a Ilha não iria sair até a chuva parar. Isso, na verdade, era um desafio para selecionar os treinadores que iriam ao evento, e logo somente Ash e mais três treinadores chegam a Ilha de Mewtwo.
Chegando eles descobrem que Mewtwo é um Pokémon. Isso mesmo! Um pokémon é o melhor treinador do mundo, e ao mesmo tempo o mais forte Pokémon.Mewtwo começa a fazer clone dos Pokémon de Ash, Misty, Brock e dos outros três treinadores, e então começa uma luta entre os Pokémon verdadeiros e os clones, porém os clones são mais fortes, e acabam ficando em vantagem. Nisso aparece Mew, e ele começa a lutar com Mewtwo de igual para igual com seus poderes. Ash quer que as lutas entre os Pokémon verdadeiros e os clones terminem, porém Mewtwo e Mew continuam lutando entre si e da luta acaba saindo uma grande explosão e Ash acaba entrando no meio e recebe o golpe. Assim ele é transformado em pedra.
Nisso todos os Pokémon começam a chorar e Mewtwo entende o verdadeiro significado dos humanos e como eles gostam de seus Pokémon, e quando todos Pokémon começam a chorar Ash volta ao normal e Mewtwo vai com todos os seus clones para um lugar melhor para eles viverem e faz Ash e os outros esquecerem o que tinham visto. Então eles são trazidos para um Centro Pokémon, e a chuva pára.
Neste Filme Ash, Misty e Tracey estão navegando em um barco quando uma terrível tempestade chega e eles acabam chegando em uma ilha da Arquipelado Laranja, na qual muitos dizem que Ash é o treinador escolhido para salvar o mundo do poder da fúria do Pokémon Guardião dos Mares. O planeta entrou em colapso já que Lawrence 3 está tentando capturas as aves lendárias para enfim libertar o guardião das águas, o tão poderoso Lugia, e captura-lo.
O único problema é que Lawrence 3 já capturou Moltres e isso fez com que o equilíbrio do planeta entrasse em colapso. Na festa que Ash é entitulado "o escolhido" um velho diz que ele deve salvar o mundo antes que o Deus Das Águas libere sua fúria.
Ash logo aceita a missão e vai em busca das 3 esferas que se encontram nas ilhas de cada ave lendaria. Primeiramente, Ash vai na ilha onde fica Moltres, mas lá acaba encontrando Zapdos, e este diz que agora ele era dono daquela ilha, já que Moltres havia sumido. Nisso a Equipe Rocket aparece na ilha também, e de repente a nave voadora de Lawrence 3 se apresenta para capturar Zapdos.A missão é concluída com êxito, e na bagagem, leva também Ash e companhia. Chegando na nave, Ash e seus amigos (e inimigos) estão presos em uma gaiola, e eles vêem Zapdos e Moltres presos em gaiolas também, mas estas separadas, e logo a nave informa a Lawrence 3 da presença dos nossos heróis na nave. Este vai ver quem são e acaba soltando Ash e companhia, e depois que Lawrence vai embora Ash manda seus Pokémon para salvarem Moltres que logo faz isso e depois Moltres manda Explosão de Fogo e acaba com a gaiola de Zapdos. Depois que os dois pássaros estão livres eles começam a atacar a nave e nisto a nave cai.
Será Ash e seus amigos conseguem escapar da nave? Se eles escaparem será que irão sobreviver?
O filme começa com um homem falando com sua filha de 5 anos, Molly. Ele está lendo um livro, e contando a sua filha o que ele faz em seu trabalho, explicando que ele tem a tarefa de descobrir Unowns. Ele então mostra a ela no livro uma foto com vários Unowns. Molly olhando para o livro vê um Entei, e diz que ele é o seu Pokémon favorito, dizendo também que ele a lembra do seu pai. Então o pai da Molly finge ser Entei e deixa ela subir em suas costas. Depois disso o telefone toca, o pai de Molly atende e descobre que ele terá que voltar a trabalhar. Molly, frustrada, vai dormir, seu pai a ajeita na cama e deixa a mansão que eles vivem.
O pai de Molly agora está numa pequena caverna no deserto, com vários hieróglifos de Unowns, e com o seu laptop ele começa a tirar fotos de cada Unown que descreve uma letra. Ele então vê uma peça no chão coberto de um Unown, ele o pega e repentinamente, um Unown aparece ao lado dele, e então ele desaparece sem nenhum vestígio. Ele então encontra uma caixa cheia de peças, ele então a abre e pega alguns deles. Os Unows então começam a ter vida, e eles o levam para algo como outra dimensão. Seu assistente repara que o pai de Molly desapareceu logo ao lado de seu laptop caído no chão, e apenas uma caixa com as peças Unowns restou.
Molly corre descendo as escadas na esperança de encontrar seu pai, mas ela se frustra ao ver apenas o assistente de seu pai. Ela então escuta o que aconteceu, e começa a chorar. Então ela sobe as escadas, pegando o laptop de seu pai ao seu quarto junto com as peças Unowns. No seu quarto com os blocos, ela começa a olhar as figuras dos Unowns, ela então abre a caixa e começa a ajeitar as peças, que logo formam "MAMA , PAPA , ME" (só lembrando que no Japão o nome do Molly é Mii, e que ME é "eu" em inglês). Uma lagrima então cai nas peças enquanto ela deseja seu pai de volta. Subitamente as peças começam a levantar, e um cristal começa a crescer aonde Molly estava sentada. Um dos empregados escuta algo e tenta abrir a porta, mas ela está sendo bloqueada pelos cristais. Eles então fogem da casa exceto por Molly que está trancada. Então do cristal começa a se formar uma figura, que acaba sendo do Entei. Ela fica um pouco confusa no começo, mas quando ela escuta sua fala, ela pergunta quem é ele. Entei então diz que ele é apenas quem ela desejou, seu pai. Ela então percebe que seu pai voltou, mas com a forma de Entei. Enquanto isso toda a mansão começa a se tornar cristal.
Enquanto isso, Ash e seus amigos estão indo para o próximo ginásio, e no caminho eles acabam esbarrando numa treinadora, que tem um Aipom. Brock vai até ela e começa a elogia-la. Ash e a garota (Rin) decidem batalhar. Ash começa com o seu Totodile, enquanto Rin escolhe um Granbull, que é lançado usando bomba d'água na árvore. Rin então manda sua Girafarig, enquanto Ash manda sua Chikorita. Chikorita usa o chicote de vinha, e a Girafarig usa um golpe psíquico fazendo a Chicorita ser derrotada. Ash manda então o seu Noctowl, e Rin o seu Aipom. Noctowl em seus mergulhos acaba derrotando Aipom. Então a luta fica entre Bulbassaur contra Butterfree. A Butterfree usa seu pó do sono que faz Bulbassaur ser derrotado. Ash então manda seu Cyndaquil, e Rin chama Mankey, que Cyndaquikil o derrota com o lança chamas depois de um soco. Para a última batalha, fica Quagsire contra Pikachu. Pikachu tenta dar um choque nele mas ele é imune a ataques elétricos. Ele então atinge Pikachu com a arma d'água, mas Pikachu se recupera e pulando de um galho da uma cabeçada no Quagsire derrotando Quagsire e deixando Pikachu tonto, sendo Ash o vencedor.
Ash, Misty, Brock, Rin, e seus Pokémons estão todos livres comendo o almoço. Ash pergunta se existe um Centro Pokémon por perto, e Rin diz que existe um nos campos verdejantes. Misty se lembra que os campos verdejantes é o lugar número um para as garotas irem, porque lá existem muitas flores. É claro que Brock já quer ir, imaginando todas as garotas. Depois de tudo eles vão para os campos verdejantes mas ele está todo coberto de cristal. Por perto a Equipe Rocket está olhando para onde Ash está, mas eles não tem certeza se devem seguir Ash. O cristal parece estar se espalhando, indo cada vez mais longe da torre.
A mãe de Ash está vendo a região pela TV e então ela corre para a casa do Professor Carvalho e lá pergunta se eles assistiram o noticiário. Eles também viram, e então decidem ir aos campos verdejantes. Carvalho e a mãe de Ash logo encontram Ash e os outros, Ash abraça sua mãe porque ele não a vê por muito tempo. Molly então vê a cena na TV e deseja que ela também tivesse uma mãe. Entei então sai em disparada da torre, indo para o Centro Pokémon onde Ash e os outros estão, e ele avança sobre a mãe de Ash. Entei então a hipnotiza fazendo ela pensar que ela é a mãe de Molly. Pikachu então gruda em Entei, mas ele acaba se escapando. Entei então de volta para casa, encontra Molly que agora acha que a mãe de Ash é a sua mãe, já que ela não vê a sua mãe faz muito tempo.
Ash e os outros ficam observando Carvalho enquanto ele descobre algo sobre Entei. Ele descobre que o poder do Unown é ler a alma de uma pessoa, descobrir o que ela mais quer, e tornar isso real, então o Unown fez com que Entei aparecesse, já que o Entei nunca tinha sido visto antes. Uma outra treinadora Pokémon está vendo o noticiário, a treinadora que treina Charizard. O Charizard de Ash vê a notícia pela janela, e decide ajudar Ash a trazer sua mãe de volta. Ele começa a voar sobre os campos verdejantes.
Uma escavadeira tenta furar o cristal que está cercando a região onde Molly está, mas ela fica braba porque alguém está tentando tirar ela de lá. Os Unowns então começam a fazer mais cristais, destruindo assim a escavadeira, fazendo que a pessoa que estava dentro quase fosse morta.
Ash e companhia recebem um e-mail, que é logo aberto. É da Molly, dizendo para eles ficarem longe, e que não devem interferir com a sua família. Claro que Ash decide salvar sua mãe, com Pikachu. Quando eles chegam no castelo, Brock e Misty aparecem dizendo que iriam também. Então um Aipom aparece para eles, e Ash pega dele uma peça da PokéAgenda (PokéGear), que é um comunicador. Rin então aparece, e deseja a Ash uma salvamento bem sucedido.
Ash, Misty, e Brock estão andando num túnel feito de cristal, andando através da água, a única parte que não é cristal no túnel. Jessie e James estão olhando eles passando o túnel com o balão deles, e decidem roubar seus Pokémons no caminho. Entei então avista o balão, e pula do topo do túnel, usando seu ataque para criar uma enorme esfera que destrói o balão. O balão bate num cristal, e Jessie e James descobrem que eles então presos num grande pedaço de cristal, que fez a torre, e a queda é mais de 30 metros.
Quando Ash e companhia chegam ao final do túnel eles chamam Bulbasaur e Chikorita, que os ajuda no caminho acima deles. Os repórteres estão em todo lado, e um deles encontra Ash e começa a entrevista-lo. Molly vê o que está acontecendo pela TV, assim como a mãe de Ash, que num estalo sai do transe e se percebe que Ash é a sua verdadeira criança. Ash e os outros chegam ao pátio do prédio, e vêem a entrada para a casa. Por azar, a entrada está coberta de cristal. Ash chama o seu Cyndaquil, e diz para ele atirar na porta, mas o cristal cresce novamente. Ele diz para ele tentar novamente, e antes Misty tira seus Pokémons de água. E com os Pokémons eles conseguem manter uma passagem aberta. O pessoal começa a passar deixando por último Ash e o Pokémon de água que estava mantendo a passagem aberta. Então Ash agarra o Pokémon e pula na abertura.
Eles correm até o primeiro lance de escadas, e entram numa área muito estranha. Molly está vendo seu Entei. Ele pergunta a ela se ela quer se livrar deles, mas ela diz que quer ter uma batalha Pokémon. Por azar ela não tem nenhum Pokémon. Entei diz para ela não se preocupar, e deixa ela na sala, e voa para longe. Uma Molly adulta parece, mais ou menos da idade de Brock (de 16 a 18 anos), pelas costas dele. Eles então vão até um campo florido, na mesma hora que Ash e os outros. Brock pergunta se ela é Molly, e ela responde que sim. Ash e Misty olham impressionados, mas Brock lembra que qualquer coisa pode acontecer. Brock decide ir numa batalha com ela, enquanto os dois avançam no caminho. Brock chama Zubat, e Molly com uma pokebola de cristal a joga, e nela sai um Flaaffy. Zubat acaba perdendo a luta com um choque de Flaaffy. Brock então chama Vulpix, então Molly chama o Teddiursa de outra Pokébola de cristal. E Teddiursa logo derrota Vulpix. De fundo, a Equipe Rocket tentam ir até a batalha. Brock chama então Onix, então Molly chama o Phanpy. Enquanto isso Ash está subindo as escadas, e a mãe de Ash encontra o livro que o pai de Molly lia para ela. Ela pergunta para Molly se ela costumava ler o livro, e ela diz que costumava mas que a mãe do Ash poderia ficar com ele, já que agora ela está feliz com uma mãe e um pai.
Ash então chega ao topo da escadaria, que é um campo florido, com uma praia ao lado. A Molly adulta aparece, em cima do Entei. Ela diz que quer um desafio melhor, enquanto isso, Misty a desafia para uma batalha. Ela então explica para ela que é uma líder de ginásio, e Molly fica surpresa, porque ela achava que tinha que ser mais velho para ser um líder de ginásio. Misty então diz que o que conta é a habilidade, não a idade, então a Molly criança aparece. Misty diz que todos os seus Pokémons que ela vai usar vão ser de água, então Molly diz que irá fazer o mesmo. Molly então levanta suas mãos no ar e um oceano aparecer, e afunda eles. Ash tenta correr mais e mais, mas a água continua subindo. Então a água acaba atingindo ele, e ele pensa estar tudo acabado, mas quando ele respira, ele respira ar. Ele se lembra do que Brock falou sobre que tudo poderia acontecer.
Ele começa a subir a escadas correndo novamente. Enquanto isso, Molly chama Kindra, e Misty o seu Goldeen. Para variar, Goldeen perde muito rapidamente. A Equipe Rocket também está por lá, e começam a nadar. Misty chama Staryou, e Molly um Mantine. A batalha fica bem disputada, e Molly aproveita a sua batalha, dizendo como é interessante. Enquanto isso Ash chega ao último lance de escadas, ele vai até a sua mãe, que está com Molly, dormindo em seu colo. A mãe de Ash fala que o Entei saiu a pouco, e Ash explica toda história para ela. A mãe de Ash acorda Molly, e diz a ela que Ash é o seu filho, não ela. Molly não quer que sua mãe vá embora novamente, e ela então começa a chorar. Cristais então começam a explodir em volta dela. Entei nota o que está acontecendo, e volta para Molly. Ash então fala que a a mãe dele, não de Molly, então chama Totodile para lutar contra Entei.
Totodile começa a luta, mas logo perde. Depois vem Cyndaquil que depois de um confronto de poderes também acaba sendo derrotado. Ash depois diz que ele é uma lenda, não o pai de Molly, fazendo assim Molly chorar e os cristais irem para todo lado. Entei diz a ele que ele é o pai, e então Pikachu leva um raio do Entei depois de dar um ataque elétrico nele. Logo depois a Equipe Rocket aparece, gratos por estarem seguros, mas então o raio atinge, eles começam a tirar essa idéia da cabeça.
Entei ataca Pikachu novamente, mas Ash fica no caminho, e tira Pikachu de perto. Por azar, o raio atinge uma parede próxima, e a parede em que Ash e Pikachu estão começa a desmoronar. Por sorte, um Charizard salva Ash antes que os pedaços atingissem eles. Ash reconhece o comportamento do Charizard e percebe que aquele Charizard é o seu Charizard. A batalha fica agora entre Charizard e Entei, mas Charizard acaba ficando sobre o pé de Entei, e ele fica pronto para destruir Charizard.
Um pouco antes, Molly implora para que sei pai não machuque Charizard. Misty e Brock pedem que Molly vá com a mãe de Ash, dizendo que ela é muito boa em batalhas Pokémon. Então a mãe de Ash e Molly se abraçam. Molly chora de alegria, e os cristais desaparecem. Entei começa a desaparecer, dizendo se ela está feliz assim, ele também está. Eles tentam ir embora, mas os Unowns percebem o que está acontecendo e não querem que Molly vá embora, então ele começam a fazer mais cristais em volta. Entei atira neles, e eles começam a descer correndo pela escadas abaixo. Enquanto isso, os cristais começam a perder controle, e começa a envolver o Centro Pokémon.
Ash e os outros encontram todos os Unowns bloqueando o caminho para fora, Ash tenta passar sobre eles, mas uma parede invisível faz ele cair para trás. Charizard tenta fazer a mesma coisa, e o resultado é o mesmo. Charizard então tenta atacar, mas o ataque não tem nenhum efeito. Pikachu então usa seu choque que faz um buraco, mas ele é logo absorvido. Os Unowns agora começam a ficar zangados, e fazem cristais por todo lado, quase espetando Ash e os outros.
Entei vem da parede e decide ajudar Ash e os outros. Ele destrói alguns dos cristais, e diz a eles que ele estava feliz por ser o pai de Molly, mas mas ele ele está mais feliz ajudando ela. Entei usa seu raio contra os Unowns, mas nada acontece. Ele começa então a concentrar forças e Charizard e Pikachu ajudam. Molly diz para seu pai continuar tentando, e com isso faz com que a parede seja quebrada. Entei desaparece e volta para os sonhos de Molly novamente. Alguns dos Unowns voltam a forma de peças, e todos vão para um portal. Os cristais começam a desaparecer, e o lindo campo verdejante agora é visível. Eles todos vão embora, e Molly vê uma nuvem que parece um Entei, e sorri.
Muitos policiais aparecem, assim como a Equipe Rocket descobre que eles estão presos na casa. O pai de molly também retorna das peças, e começa a voltar para casa. Com os créditos, o pai de Molly volta junto com sua mãe. Também mostra Molly abraçando os dois com sua felicidade.
Sammy anda por um tronco com um túnel, no final. Uma mulher lhe dá um pão embrulhado em uma folha, e ele vai.
Mais tarde, enquanto Sammy desenha calmamente uns Bellosoms, ele escuta uns barulhos e olha. Logo vê Celebi, Scyther e Houndoom, e depois o caçador. Sammy corre atrás deles, e encontra Scyther puxando Celebi com suas garras. Sammy grita desesperado, e corre para salvar Celebi. Houdoom lança uma chama nele, mas ele desvia.
Celebi chora, e ramos vão enrolando nos pokémons do caçador. Sammy corre mais uma vez para perto de Celebi, mas é parado por um flash de luz, incandescente e atordoante. Celebi chora novamente, e toda a floresta começa a balançar, a soltar um brilho forte, azul. Sammy se pergunta o que está acontecendo, mas uma luz os engole, e quando o efeito desaparece, tudo o que resta, é um livro, o diário de Sammy, estatelado no chão.
40 anos depois...
Brock e Misty estão esperando Ash, em uma cidade com um porto, para um passeio de barco, mas Ash está atrasado. Brock manda Crobat procurar Ash, que está na praça da cidade, lutando com um treinador. O treinador opta por Croconaw, e Ash manda seu Pikachu, que acaba eletrizando a vida de Croconaw e seu treinador. Ash vai falar com o treinador, mas Crobat aparece, avisando Ash do seu atraso até agora, praticamente despercebido. Ele corre então para o cais.
Brock vê seu Crobat chegando, e logo vê Ash. Felizmente ainda estão à tempo, mas um caminhão de bagagens (algo à respeito de Ruby/Sapphire? Pode ser...) atrasa Ash, que quando chega próximo ao barco, este já está em movimento. Ash pula para o barco, e quase cai, mas é agarrado por Towa, um guia turístico de uma floresta da região.
Enquanto tudo isso ocorre, Bisashu pressiona o mesmo caçadr de 40 anos atrás sobre Celebi. Não tendo respostas, Bisashu vai ver a coleção de pokémons deste mesmo caçador. Notando um Tyranitar, Bisashu manda seu Sneasel abrir a gaiola. Bisashu pega uma Pokébola que não é normal, é uma bola das trevas. Ele a joga para o Tyranitar, causando uma energia negra ao invés da tradicional cor vermelha. Com o Pokémon já dentro, a bola começa lançar pequenas faíscas e Bisashu a lança. De algum modo Tyranitar mudou. Bisashu manda o Tyranitar destruir a casa do caçador e ele o faz sem pestanejar.
Durante o passeio, Ash consegue ver o Suicune, o cão lendário da água, e diz para os outros, que por não conseguirem ver nada, não comentam ao respeito.
Quando eles, finalmente, chegam no destino, Ash liga para o Prof. Carvalho para informar da visão do Suicune, mas o Prof. Carvalho não acredita nele também. Towa convida todos para irem dar um passeio pela floresta, e eles aceitam.
Enquanto tudo ocorre, a já esperada Equipe Rocket observa os nossos heróis de um planador movido à pedais. Porém Jesse esquece de pedalar, e eles acabam caindo.
O barco acaba chegando numa cachoeira, e então dois balões aparecem no barco que o faz chegar até a vila no topo de uma arvore, e acabam aterrisando lá.
Ash e os outros estão naquele mesmo tronco gigantesco caído com um túnel e tentam ir dentro dele, quando uma velha avisa a ele sobre algo. Uma jovem aparece, e Brock já começa a soltar suas cantadas. Seu nome é Miku e ela é filha de Maki, a velha mencionada. Miku tem uma impressionante semelhança com Maki. Miku então fala a eles sobre o que aconteceu a muito tempo atrás, então a floresta balança e brilha na cor azul, Pikachu sabendo o que está acontecendo começa a correr, e Ash e outros correm atrás dele.
Eles vão até o santuário e vê uma luz, Sammy e Celebi aparecem lá. Ash acaba chegando mas Celebi foge antes. Ash tenta chegar até Sammy mas ele não deixa. Ash decide arrastar ele de volta para a vila.
Quando eles voltam, Sammy acorda, mas a primeira coisa que ele se preocupa é com Celebi. Ele acaba pressionando Ash mas quando Sammy volta a normalidade ele pergunta o que aconteceu. Miku aparece, junto com sua mãe. Maki conhece Sammy, mas ele não se lembra dela. Eles decidem ir para a casa da Maki e ela mostra a ele o seu livro de rascunhos. Mesmo impressionado ele ainda se pergunta sobre Celebi.
Pikachu novamente sente algo, e ele juntamente com Ash e Sammy vão novamente para o túnel. Sammy e Ash chegam e vêem vários troncos caídos, e um cipó vindo de cima. Eles o sobem e encontram vários Pokémons juntos, perto de um buraco. Ash vai até lá e encontra Celebi, ainda que ele não tenha ficado tão impressionado como das outras vezes que ele viu um Pokémon lendário. Ele tenta acariciar o Celebi mas ele acaba, como reflexo, usando seu ataque psíquico em Ash, acertando Ash, Sammy e os outros Pokémons. Ash, bravo, corre para o tronco que Celebi está, e dá um xingo nele, então Celebi usa o chicote de vinha em Ash e Sammy. Sammy então diz a Ash não ser tão duro com ele. Ash tenta falar agora com Celebi, ambos se desviando das vinhas.
Depois de algumas frases mais amáveis, Ash tenta novamente acariciar Celebi e dessa vez ele aceita. Ash e Sammy voltam para a casa da árvore de Mika e ela diz que existe um lago onde se pode ajudar Celebi, já que a água lá é pura. Então Ash e os outros vão a procura do lago, e quando eles encontram a Equipe Rocket, e eles já falam o seu lema. Então Wobbuffet aparece no final do lema e o galho onde eles estavam acaba se quebrando. Ash e os outros aproveitam esse momento para escapar.
Bisashu ainda não desistiu de Celebi, e está andando pela floreta usando uma aranha mecânica de 4 patas caçando o Celebi. Enquanto procurava pelo lago, Ash acaba se deparando com Bisashu, que exige que lhe dê o Celebi ou enfrentará uma destruição total. É claro que ninguém decide dar o Celebi, e então Bisashu manda seu novo Pokémon roubado o Tyranitar. Bisashu manda ele atacar eles. A Equipe Rocket então aparece e decide atacar a aranha mecânica, ao ver que é Bisashu que está controlando, eles perdem perdão e falam que eles não merecem morrer.
No caminho, o joelho de Misty fica machucado e ela acaba caindo sobre seus joelhos. No entanto esse atraso faz com que o Sneasel e o Scizor de Bisashu os alcancem. Ash e Sammy então se preparam para a luta. Sammy pega uma pokébola bem antiquada e virando uma válvula ela se abre saindo então um Charmeleon. Ash simplesmente lança sua pokébola que tem seu Bayleef, deixando o Sammy de algum modo surpreso. Bayleef começa perdendo, mais depois de uma dica de Sammy, ele acaba ganhando do Scizor. Enquanto isso, Charmeleon se livra fácil de Sneasel. Bisashu vai por um caminho e Ash e os outros correm, notando os seus dois Pokémons amarrados a uma rocha. Ele apenas ri um pouco e passa por eles.
Ash e cia encontram um caminho para uma parte da floresta com muita neblina, onde eles encontram um Ursaring e um Teddiursa. Sammy diz que eles devem seguir eles. O Ursaring para e um Stantler se aproxima, eles seguem então o Stantler até vir um Furret, no qual os guia para o lago. Sammy toma o controle e anda dentro da água até chegar a uma profundidade suficiente e deixar Celebi tocar a água. Ash nota que vários Pokémon se reuniram lá. Celebi então vai para um lugar na água onde a luz do sol bate, então ele se recupera e voa em cima deles alegremente.
Ash e Sammy decidem seguir Celebi enquanto ele vai embaixo d'água, sendo os dois pessoas normais eles acabam não tendo mais fôlego, e acabam indo para a superfície. Celebi então segue ele usando seus poderes psíquicos para fazer eles flutuarem. Celebi vai até Misty e toca o seu joelho, fazendo que ela seja curada e ela agradece a ele. Então os dois ficam voando com Celebi, e quando eles voltam, eles decidem seguir Celebi.
Celebi chega numa árvore de frutas e pega uma e a come. Celebi a delicia tanto que ele começa a dançar em volta e os outros pegam a fruta para comer, e também gostam dela. Ash colhe algumas para comer depois. Depois de um dia de trabalho e brincadeiras, eles acabam acampando na floresta.
No meio da noite Ash acorda e vê Sammy desenhando seus rascunhos. Ash se aproxima dele para ver o que ele está desenhando, é um Celebi dormindo no ombro do Pikachu. Ash tenta conversar com ele mas Sammy está preocupado com algo e vai para outro lugar, e Ash o segue. No caminho o estomago de Ash ronca e ele fica envergonhado (Ash tinha que ver um médico sobre esse problema intestinal), Sammy divide o pão com Ash.
Pikachu acorda com as vozes de Ash e Sammy conversando, então ele vai atrás deles e nisso Celebi despenca no chão, acordando ele. Celebi vai também para Ash e Sammy e eles encontram um grupo de Metapods evoluindo. Eles observam a evolução e decidem subir numa árvore para ter uma vista melhor. Ao chegar lá, as Butterfrees estão voando acompanhando o nascer do sol, soltando pós brilhantes, todos apreciam a vista.
No outro dia, eles voltam para a casa de Mika, no cominho eles encontram Bisashu e tenta pegar Celebi novamente. E Jessie e James estão atrás deles com redes, então escapar não é possível então eles decidem lutar. Pikachu tenta usar seu choque do trovão mas ele é desviado por uma barreira.
A maquina de Bisashu usa dispositivos de armadilhas e acaba pegando Celebi em duas tentativas. A garra parece que começa a dar choques em Celebi deixando ele fraco e Bisashu lança sua pokébola das trevas e captura Celebi.
Pokémons se reúnem em volta e Ash está totalmente pirado por Bisashu ter capturado Celebi e sobe numa das pernas da maquina e luta com Bisashu. Ash consegue pegar a Pokébola das trevas mas ele acaba caindo no chão e Bisashu aparece. Ele pisa no braço de Ash enquanto ele está caído, Ash desiste e acaba desmaiando. Bisashu ri e solta seu Celebi e ele parece que fez uma lavagem cerebral nele. Bisashu ordena Celebi cuidar de todos, e ele usar seu golpe psíquico para lançar Ash e os outros para longe, depois ele golpeia os Pokémons agrupados com sua barreira. Bisashu manda ele fazer outra coisa depois de tudo, então Celebi inicia um enorme redemoinho que reúne folhas e galhos, e ainda acaba sugando Jessie.
Na casa de Mika, ela , Miku e Towa notam o redemoinho, e eles então vão para o barco. Nas montanhas, Suicune sente o perigo e vai até a floresta a toda. Ele é a ultima esperança. Ash acorda, e os outros contam que Celebi foi pego e que está fazendo o que Bisashu quer. Mais tarde, uma enorme esfera voadora de galhos e folhas vai até o lago. Só uma pessoa fica sozinho numa ponta, Bisashu. Jessie está sendo presa e até tenta conversar, mas ela não chega em nada. Quando eles chegam ao destino, Bisashu tem o centro da esfera, Celebi, mudando agora a forma esférica para uma forma parecida com o Scyther. Celebi vai até o centro da cabeça cercado por vinhas e uma barreira, e ele não parece ter nenhuma expressão facial.
Towa aparece com Ash e os outros e eles vão em direção ao monstro. Como um teste de fogo, Bisashu ordena Celebi atear fogo no balão. Enquanto isso todos notam que Celebi está dentro do monstro, fazendo o que Bisashu manda, então uma energia violeta se forma na boca do monstro e ele atira num dos dois balões do barco, mandando ele para o lago. Celebi manda outro raio, mas erra e acerta o lago, fazendo que a água se torne impura. Celebi então leva o monstro até o lago, Ash e Sammy se afastam enquanto os outros se protegem. Ash manda Pikachu usar seu choque do trovão mas Bisashu pula para um galho próximo, depois ele manda Celebi lançar outro raio, e Celebi começa a carregar o fogo, mas Suicune aparece para salvar o dia, e pega Ash e Sammy para proteger do raio. Ao ver Suicune, Bisashu decide ter ele também, então ele manda seu novo Tyranitar e começa a atacar.
Brock vendo isso manda seu Onix para ajudar, que acaba distraindo Tyranitar para Suicune escapar. Com ajuda de Onix, Suicune derrota o Tyranitar, mandando ele voando para o lago. Brock retorna seu Pokémon e Suicune vai atrás do monstro, mas vinhas o atacam e acabam dando choques nele com energia sombria.
Ash e Sammy saltam em Suicune na tentativa de encontrar e recuperar Celebi. Eles acabam errando mas Jessie acaba pegando eles. Eles então encontram uma abertura onde eles poderiam subir pelas vinhas. Eles gritam para Celebi dizendo para parar. Celebi então tem um Flashback de quando Ash e os outros estavam voando e ele então para por um momento. Bisashu se pergunta o que está acontecendo, porque o Suicune não está levando os choques. Celebi começa novamente, e os dois continham gritando para ele e Celebi se lembrar quando eles estavam na árvore com as frutas. Bisashu manda Celebi continuar, e ele obedece novamente. Eles chegam então ao topo e tentam fazer Celebi parar, então Celebi se lembra quando eles estavam vendo as Butterfrees. Finalmente então ele se recupera seus sentidos e para de atacar e o monstro começa a desmoronar no lago. Quando o monstro se destrói, Celebi e os outros estão flutuando e vão até uma margem do lago.
Mas algo ainda não está certo com Celebi, ele começa a murchar. Sammy pede a Ash para tentar o método que eles usaram antes, mas a água está muito impura. Sammy então diz a Ash que Suicune pode limpar a água, então Ash pede a Suicune fazer isso. Suicune começa a pular na água, limpando a água a cada passo, Ash tenta dar a água mas não funciona. Então ele dá a Suicune uma das frutas que ele tinha colhido, mas elas caem na água. Ash tenta várias vezes até que ele desiste. Celebi não está respondendo, nem movimentando parecendo que ele está morto.
A floresta começa novamente a tremer e brilhar em azul e uma luz brilha em cima do lago. Um grande número de Celebis parecem da luz, usando seus poderes para ajudar o Celebi "morto". O Celebi da nossa história revive e está feliz em ver seus amigos e então os outros voltam da onde eles vieram. Celebi volta para seu grupo, mas Bisashu aparece da água e pega Celebi. Bisashu usa seus jatos nas costas e voa para longe, dando seu riso de vitória. Ash pula em sua perna com Pikachu, tentando mais uma vez salvar Celebi. Bisashu até tenta derrubar Ash, mas ele se desvia e manda Pikachu usar seu choque do trovão no jato fazendo que ele exploda. Isso faz que todos caiam. Ash tenta pegar Pikachu sabendo que ele está na queda de sua morte, no entanto Celebi para ele com seu poder psíquico e salva Ash. Bisashu cai na floresta e as árvores acabam amortecendo sua queda. Towa, Mika e Miku se aproximam de Bisashu com cara feia e Towa está estalando seus dedos come se quisesse lutar. Mika briga com Bisashu por sua estupidez. Mas eles não estão sozinhos, outras dezenas de Pokémons apararem em volta furiosos com Bisashu. Ele tenta usar seus Pokémons mas ele esqueceu deles onde ele estava, então Caterpies, Weedles, e Spinaraks usam o tiro de estilingue para prende-lo.
Quando Celebi volta, ele abre um portal de tempo, então Sammy poderia voltar. Todos dizem adeus, mas Ash não quer abandonar um grande amigo agora. Mais tarde, Jessie está voando pelo lago, James e Meowth estão indo para ela num pequena jangada. Enquanto eles discutem, Tyranitar aparece e quebra a jangada, então eles decidem ir boiando até lá.
Sammy acorda no santuário, Celebi não pode ser visto em nenhum lugar. Mika corre até Sammy perguntando se eles está bem e outras coisas.
Towa volta para a cidade. Tracey encontra os rascunhos de Sammy enquanto limpa a casa do Professor Carvalho. Ele começa a virar as páginas e encontra uma foto de Sammy desenhando com Celebi um pouco desbotado. Celebi está espiando Ash e outros quando eles voltaram para a árvore com os frutos.
Há muito tempo atrás, quando Alto Mare era ainda uma pequena cidade, um casal de velhos estavam caminhando pelas costa, quando avistaram duas crianças inconscientes. O casal os levou até em casa, onde trataram e cuidaram até que eles melhorassem. No entanto, essas crianças não aparentavam ter pais ou parentes, então elas viveram junto do casal. Foi então que grandes nuvens negras tomaram o céu da cidade e começou a chover, mas a chuva era negra e tudo em que ela tocava, enegrecia. O casal de velhinhos estava fora de casa junto das crianças quando a chuva chegou até eles. Estava preste a atingir o casal quando as crianças começaram a brilhar. As duas crianças, então, flutuaram pelo céu e revelaram ser os pokémon do infinito: Latias e Latios. Eles chamaram por outros como eles, e um deles veio com um estranho globo azul. Seus poderes juntados ao globo azul mostraram-se sobre as nuvens negras, fazendo com que elas desaparecessem. Co mo agradecimento por terem cuidado das “crianças”, eles entregaram o globo azul ao casal de velhinhos.
Uma história interessante. Assim como duas mulheres, uma loira com cabelos em espiral e outra com cabelo azul, lerem sobre a lenda de Alto Mare em um grande arquivo. Elas tiveram que interromper a leitura, já que um segurança esta se aproximando. As duas fugiram como ninjas por uma janela que estava aberta. Quando o guarda chegou, ficou chocado ao ver que um livro estava sumido, e que no lugar estava uma rosa e um cartão. A rosa parecia ser familiar e no cartão tinha a insígnia de algum lugar. Quanto às duas mulheres, elas correram até um carro super fashion, que acelerou e entrou em um jato. Essas duas eram Rockets, conhecidas como Zanna e Rion. Elas se dirigiam a Alto Maré.
Hoje é um daqueles dias especiais em Alto Mare. Na verdade, é o melhor deles. E não é só porque é a Festa de Latios, mas também porque haverá uma corrida pelos canais da cidade. Há muitas pessoas participando dessa corrida e entre elas está Ash e Misty. A corrida se inicia e Ash, com seu Totodile, e Misty, com seu Corsole, disparam na frente, junto de outro corredor com um Wailmer. Brock assiste tudo da ponte quando avista uma linda mulher saindo do meio da multidão, enquanto Pikachu segue Ash durante a corrida.
A corrida continua, enquanto duas estranhas figuras quase invisíveis sobrevoam a cidade. Ash, Misty e o outro competidor continuam disputando o primeiro lugar, mas o caminho logo se estreita. As duas figuras voam mais baixo, passando por cima da Equipe Rocket, que estavam se empanturrando de macarrão, e sobre umas pessoas que estavam na janela de suas casas assistindo a corrida. Uma garota nota algo estranho, mas consegue entender o que é. Ash toma a frente, mas vai de encontro a uma parede ao tentar fazer uma curva estreita. Mas mesmo assim ele não desiste e retoma o curso, mas acaba batendo outra vez. Totodile se culpa pela perda de Ash, mas ele não se importa. Quanto a Misty, ela segue tranqüilamente até a linha de chegada e vence. O outro competidor, que se chama Rossi, parabeniza Misty pela vitória. Ele diz que é um motorista de barco e oferece um tour a Misty e seus amigos.
No barco, Ash e Brock olham a paisagem enquanto Rossi conta sobre a cidade. Misty diz que adorou seu troféu e Rossi pergunta se ele poderia vê-lo. Ela o ergue: era redondo e possuía um matiz verde. Tinha a forma de dois seres, um de cada lado, e no centro tinha um círculo cintilante. Ash pergunta quem são os pokémon do troféu. Rossi explica que o da direita se chama Latious e o da esquerda, Latias, e que ambos eram os guardiões de Alto Maré. Nunca ninguém os havia visto, mas todos os conheciam.
Próximo ao barco havia uma pequena mosca voando aos redores. Mas aquilo não era uma mosca de verdade e sim uma câmera, que pertencia a Zanna e Rion, que procuram pelos dois pokémon por toda a cidade. Elas sabiam que os lendários pokémon podiam assumir a forma de humanos então Rion implantou um scanner na câmera, que identificava humanos e pokémon. Todas as pessoas apareciam normais, até encontrarem uma diferente, que estava toda azul. As Rockets correram até ela e se depararam com Jesse, James e Meowth que estavam tomando sorvete. Jesse grita com elas, mas elas não estavam nem aí. James sabia quem eram elas. Ele explica a Jesse que elas são as Rockets #1, as melhores. Jesse resolve agir como elas para ser a melhor.
Rossi resolve dar uma parada para eles fazerem um lanchinho antes de continuarem. Eles vão até uma barraquinha de sorvete. Enquanto eles estão caminhando, Pikachu vê uma fonte de água e, estando sedento, corre até ela. Ao chegar lá, ele encontra uma garota vestindo uma saia branca e uma camisa verde com um estilo de cabelo estranhamente familiar. Ela abre a torneira e Pikachu bebe a água, enquanto Ash se aproxima, agarra Pikachu e agradece a garota. Mas ela simplesmente dá as costas. Ash fica todo confuso.
A garota se encontra andando sozinha por um canal quando Zanna e Rion aparecem. Zanna a observa com uns óculos especias, revelando que a garota é o lendário pokemon Latias. Elas a chamam de Latias e vão pra cima dela. A garota choca-se ao ver que seu disfarce foi revelado e foge. Zanna e Rion usam seus pokemon, Espeon e Ariados, para parar o pokémon. Espeon usa seu ataque psíquico (Psychic), enquanto Ariados usa seu ataque de teia (String Shot).
Logo, Ash aparece e para a luta. As Rockets tiram sarro dele antes de mandarem Espeon ataca-lo com Psybeam, mas Ash foge, junto da garota. Os dois se separam para fazer os perseguidores perderem o rastro, o que acaba ando certo. Logo, eles se encontram e correm para um lugar seguro, ou seja, onde Rossi e os outros se encontravam. Ao olhar para trás, Ash vê que a garota havia desaparecido.
Ash esquece esse evento inesperado e a gangue retoma seu tour, indo agora para o templo de Alto Mare. No entanto, Zanna e Rion estão espionando-os, observando cada movimento deles.
O templo parecia enorme quando visto de fora, mas do lado dentro havia poucas coisas para se ver. Ao caminharem pelo lugar, eles percebem que há fosseis nas paredes. Misty se assusta no começo, mas um homem vestindo uma roupa similar ao do Mario (aquele italianinho amigo do Luigi) explica a ela que são apenas fósseis. Ele mostra o lugar para Rossi e o pessoal, mostrando e explicando os desenhos e inscrições contidas nas paredes do templo. No alto, no teto do templo havia pinturas do livro que Zanna e Rion haviam roubado. O pessoal entra numa sala, onde havia uma grande máquina. O homem da roupa de Mario diz que essa máquina controla toda a cidade, assim como explica a lenda.
Ash havista alguém pintando nas paredes. Ele se aproxima para ver melhor e vê a mesma garota de antes, só que desta vez com uma saia branca mais longa, segurando um pincel e um caderno de desenhos. Ele se aproxima com cuidado até ela, mas ela percebe e foge. Ele fala pra Misty que estaria no Centro Pokémon antes das luzes se apagarem e corre atrás da garota. Por todos os lugares que ela ia, ela parecia estar próxima, mas ao mesmo tempo longe. Ela corre pra fora do templo quando ela para. Ash está do outro lado do canal. Ele faz umas perguntas a ela, mas ela não responde, e volta a fugir. Ash vai atrás e acaba perdendo a de vista. Pikachu, que havia seguido Ash, encontra a garota, que continua correndo, como que quisesse que eles a seguissem. Eles passam por muitos lugares até a garota parar em frente a uma parede. Era o fim da linha para ela. No entando, ela atravessa a parede, fazendo com que Ash ficasse mais confuso. Pikac hu cria coragem e corre até a parede, atravessando-a. Ash vai logo atrás.
Do outro lado, tudo estava escuro. Em pouco tempo, tudo clareou, revelando ser um belo lugar: um jardim cheio de flores e árvores gigantes, um lago com águas límpidas. Ash reparou que havia pokémon ali e aqui, e também viu a garota, que correu novamente. Quando chegou até ela, ela estava em um balanço. De repente, o vento começou a ficar pesado, quase como um furacão quando algo saiu do lago e foi direto até eles. Pikachu começou a descarrilar choques elétricos na coisa, o que acabou não dando certo, fazendo com que a estranha coisa desse uma investida em Pikachu, que desmaia. A coisa se revela sendo o lendário pokémon Latios, que se prepara para atacar Ash, mas hesita ao ver que a garota se pôs à frente dele.
Latios estava furioso por Ash estar onde estava e gritava com a garota, mas ela não dizia nada. Então uma voz é ouvida e... uma garota aparece, igualzinho a outra, segurando um pincel e um caderno de desenhos, dizendo para Latios atacá-lo. Ash estava totalmente confuso. È quando o cara do templo aparece e esclarece tudo para o garoto. Ele explica que Latias é muito brincalhona e que estava fazendo suas traquinagens com ele. A garota do caderno revela ser Kanon. Ela diz que do “outro lado” ela não é nada mais do que uma artista, mas que aqui ela toma conta dos dois pokémon. Ela também menciona que o cara do templo é seu pai, Bongore, que na verdade é o dono do templo.
Latias e Latios estão brincando com Pikachu, enquanto Bongore responde às dúvidas de Ash sobre os dois e sobre toda a lenda da ilha. Mais tarde, ele mostra a Ash a “Lágrima do Coração”, que estava no centro de um pequeno lago. Isso era a fonte da água de Alto Mare. Enquanto isso, uma pequena câmera sobrevoava ao redor deles. Eram Zanna e Rion.
Ash então percebe que estava ficando tarde e lembra que havia dito a Misty que estaria no Centro Pokémon antes do anoitecer. Latias não queria que ele fosse embora. Kanon se oferece para levá-lo de volta. Durante a volta, Ash faz algumas perguntas a Kanon e uma delas foi porque Latias assume a forma dela. Kanon explica que Latias é superbrincalhona perto de Latios e que às vezes ela se sente sozinha e que vai para o outro lado (a cidade de Alto Mare) pra quebrar a rotina. No entanto, ela não pode manter a sua forma original então ela se adquire a forma dela. Ash menciona que Latias foi atacada por duas pessoas e que Bongore não deveria perde-la de vista.
Mais tarde, naquela noite, as duas Rockets conseguem entrar no Jardim. Jesse, James e Meowth tentam segui-las, mas não conseguem. Elas usam Espeon para derrubar Bongore. Latios acorda de seu sono assim como Latias e sobrevoam o Jardim, encontrando as Rockets. Eles tentam derruba-las várias vezes e não conseguem. As Rockets são muito ágeis. Eles então tentam se camuflar, mas Espeon e Ariados são mais espertos. Espeon usa seu ataque psíquico e ariados usa seu ataque noturno em Latias, mas Latios fica na frente. Latios cai fazendo com que Zanna o capturasse. Latias tenta salvá-lo, mas Latios grita com ela, dizendo que ela deve fugir. Espeon e Ariados tentam mais um ataque à Latias, mas Latios, mesmo amarrado, intervem. Latias então foge para Alto Mare. Rion rouba a “Lágrima do Coração”. Kanon corre até o Jardim, mas já era tarde demais. Até agora, o plano de Zanna e Rion havia dado certo.
De volta ao templo, elas carregam Latios até a máquina e preparam a próxima fase do templo.
1º passo: Colocar o guardião no pedestal. Elas o fazem e três grandes anéis giram em torno do pokémon. As linhas do anel ficam vermelhas, provendo a energia. Os pilares da máquina caem, fazendo com que a máquina principal surgisse. A máquina parece uma balança, sendo que do lado esquerdo tem um grande globo e no outro possui um tipo de coisa para colocar algo. Múltiplos braços sobressaem para fora, o que mostra ter sido feito em um estranho design.
2º passo: Colocar a “Lágrima do Coração” no lado direito da máquina. Rion cuida dessa parte. Antes que pudessem continuar, Kanon e seu pai aparecem, mas são desabilitados por Espeon.
3º passo: Controlar a máquina manualmente do grande globo. Zanna não se sente à vontade entrando lá, então Rion o faz.
Latias se dirige ao Centro Pokémon, sabendo que há apenas uma pessoa pra ajudar seu irmão. Ela entra no quarto de Ash, na forma de Kanon, quando ele acorda. Ele fica meio confuso sobre quem ela é, mas nota que é Latias, já que o pokémon não consegue falar na sua forma humana.
De volta ao templo, Latios acorda e tenta se soltar, mas não consegue. Kanon, que está amarrada junto a Bangore, dz a Latios para fazer uma conexão psíquica com Latias, para mostrá-la onde estão.
No Centro Pokémon, todos já estão acordados e Ash conta toda a história para Misty e Brock. Latias recebe o contato de Latios, assim como os outros. Eles vêem toda a situação. Eles também vêem que Rion está começando a operar a máquina, tirando a energia de Latios para reviver os fósseis do templo. A máquina restaura os fósseis de um Aerodactyl e de um Kabutops. Rion ordena à eles procurarem Latias. È quando Latios desmaia e perde a conexão com Latias. Ash resolve salvar Latios e os outros.
Rion resolveu prevenir a entrada de qualquer um e trancou todas as entradas pra o templo. Ash chega ao templo e tenta encontrar alguma entrada. Tudo estava trancado. Ash deu uma volta pelo Templo, mas não encontrou nada. Ash tem a idéia de entrar pelo canal. Eles vão seguindo quando o Aerodactyl aparece e ataca Latias. Ash e Pikachu pulam nas costas do Aerodactyl e pede pra Pikachu usar o Raio do Trovão (Thunder Bolt). O ataque funciona e Latias escapa. Aerodactyl prepara um Hiper Raio (Hyper Beam) para usar contra Ash e Pikachu, mas eles mergulham, escapando por um fio. Porém, a força do golpe empurrou-os mais fundo. Latias, ao ver que o Aerodactyl se foi, mergulha pra salvá-los e consegue. Estava tudo bem com eles. Ash vê uma daquelas gôndolas que ele usou na corrida. Ele tem outra idéia.
Latias estava amarrada a gôndola, onde Ash e Pikachu estavam. Ela começa a surfar, seguindo o Aerodactyl, que percebe e volta a persegui-los. Eles conseguem despista-los, mas encontram com o Kabutops, que os persegue numa velocidade incrível.
Enquanto isso, Brock tenta quebra as grades que impediam a entrada ao Templo. Misty diz que eles que deveriam mandar seus pokémon ajudar Ash. Brock manda Crobat e Misty manda Politoed e Corsola.
Latias e Ash estão fugindo de Kabutops, que mantém sua velocidade, já que a água não é um problema para ele. Latias virá em uma esquina, mas vira tão rápido que faz com que Ash voe longe. Kabutops se prepara para atacá-lo, quando Crobat, Politoed e Corsola o param. Ash os agradece e continua.
Rion percebe que Ash está chegando. Ela resolve pará-lo, controlando a água, criando ondas, etc. Zanna fica preocupada com Rion por ela estar meio maluca com todo aquele poder. Latias cria uma bola de energia e consegue acalmar a água. Eles conseguem entrar no Templo. Latias vai direto ao irmão, tentar salva-lo. Ash tenta dessamarrar Kanon, mas a teia de Ariados é muito forte. Pikachu ataca com eletricidade e quebra a teia. Latias tenta quebrar a máquina, mas a máquina apenas reflete o ataque. Pikachu usa o Raio do Trovão, que não funciona. Latias cria uma bola de energia à sua volta e ataca a máquina, que se despedaça. Ash, Kanon e seu pai tentam tirar Latios da máquina, o que foi trabalhoso, mas não impossível. Latios acorda. Zanna sorri para eles e vai checar Rion, que estava toda sacudida. As travas do templo se abrem. Zanna vai até a “Lágrima do Coração”, que estava lilás, e não azul. Ela quase a toca quando Bongore gri ta “Não!”, mas era tarde demais. A “Lágrima do Coração” se parte e Zanna é enviada para dentro da máquina, que se reconstitui. Bongore diz que se “Lágrima do Coração” for quebrada, Alto Maré entrará em ruínas.
Do lado de fora, uma enorme onda estava vindo do oceano para desabar toda a cidade. Cientes do que deviam fazer, os guardiões voam por sobre a onda e começam a brilhar numa luz branca e se fundem em uma grande bola de energia, que faz com que a enorme onda desaparecesse. (Eles não se fundem fisicamente, fazendo com que aparecesse um único ser. Eles apenas se tornaram uma enorme bola branca de energia.)
Dentro da grande bola de energia, Latias olha ao redor, procurando pelo seu irmão. Ela o vê, porém, ele está diferente. Ele está brilhando, do mesmo jeito que a “Lágrima do Coração” estava: toda azul. Latios estende sua mão (ou pata) até a de sua irmã. Ele passa a mão nela e então explode, empurrando Latias para bem longe. Jesse, James e Meowth, que estavam por perto, são pegos pela explosão e atirados para longe, com o seu famoso “Equipe Rocket decolando de novo!!!”. A explosão cria uma energia que se expande pela cidade, fazendo Aerodactyl e Kabutops virarem fósseis de novo. Enquanto isso, Zanna e Rion fogem depois do fracasso que foi a missão.
Depois, Ash e os outros procuram pelos guardiões. Eles avistam um Mantine e outros pokémons de água carregando Latias. Latias acorda e olha pelos lados, procurando pelo irmão. Bongore diz que Latios usou toda sua energia para salvar a cidade, sacrificando sua vida. Ash conforta Latias pela perda do irmão. Eles encontram e “Lágrima do Coração” e voltam para o jardim. Kanon a põe de volta ao seu lugar. Ela e seu pai agradecem a Ash e seus amigos pela ajuda.
Mais tarde, a gangue estava no porto, pronta para voltar para o continente. Mas antes de irem, eles passaram na casa de Bongore, para se despedirem. Ash pergunta se Kanon estava em casa, enquanto Bongore a chama. Eles não ouvem nenhuma resposta e Ash diz para ele dizer “tchau” por eles. Eles se vão. No barco, Ash nota que alguém vem correndo pela ponte: Kanon. Ash diz ao motorista parar o barco e ele corre até ela. Ele diz adeus a ela. Ela lhe entrega um papel e lhe dá um beijo um beijo na bochecha. Misty e Brock ficam surpresos enquanto Kanon se vai. Mas Ash percebe que não era Kanon e sim Latias. Ele abre o papel. Lá, havia um desenho: Ele e Pikachu nas costas de Latias.
Ainda no barco, porém longe da ilha, Ash nota duas figuras no céu. Ele imagina ser Latias e Latios. Ele relaxa e diz que Alto Mare está salva novamente.
E os créditos continuam enquanto algumas cenas aparecem: Bongore concertando a máquina que foi danificada; Zanna e Rion presas. Na prisão, elas folheam um livro sobre Lawrence III (o vilão do filme “O poder de um”) e começam a planejar um plano para roubar suas riquezas. Kanon a parece pintando nas ruínas. Quanto a Ash, ele caminha com seus amigos de volta a sua jornada.
Ash e companhia chegam em uma cidade que acredita na "Teoria da Onda". Eles celebram de tempos em tempos, um festival, para relembrarem o "Herói da Onda" que conseguiu parar uma batalha muito tempestuosa que estava sendo travada há muito tempo atrás. Este festival ocorre no castelo de Orudoran, que fica na mesma cidade.No festival, ocorrem batalhas para decidirem "quem será o herói do festival", e Ash e Pikachu vencem, se tornando os heróis. A batalha que eles tiveram foi bem difícil, mas afinal, venceram!É então que começa uma cerimônia de danças, para abrir as portas do castelo, e durante essa cerimônia, Mew aparece, pega Pikachu, e simplesmente desaparece. É então que Rukario, o tão famoso herói dos tempos antigos, aparece na frente de Ash, e os dois se olham atentamente. Ash e Pikachu tem roupas da Idade Média. Um Ho-Oh tinha aparecido com uma aparência que lembra Mew.Ash e Pikachu olham surpresos, e Ash exclama: "Ho-Oh?", até que Ho-Oh começa a se teleportar.Brock e Max aparecem, também com trajes da Idade Média, e Brock afirma ser Mew. Uma mulher vestida de preto também aparece, e ela diz: "O Segredo de Mew pode ser descoberto, se você for até a árvore da origem". Ash vai com a mulher, em seu carro, até a árvore da origem. (Ash volta a portar suas roupas originais). O narrador diz: "Quem será a pessoa que estava olhando para Ash?". Uma coluna de água levanta o carro e Ash foge. Aparece novamente uma silhueta de Rukario, e o narrador diz: "O mistério do pokémon que pode ser visto agora...".Rukario aparece, e Ash diz: "Quem é este Pokémon?". Uma luz começa a sair da mão de Rukario, e então ele fala. Rukario lança esse poder em Mew, que segura com sua barreira. Juntamente com o filme você poderá assistir ao Mini-Filme, chamado de "Festival Fantasma de Pikachu" (Em inglês, Pikachu’s Ghost Festival).
O filme começa com a chegada de Ash, Dawn e Brock na cidade de Álamos, onde Dawn pretende participar de mais um Concurso Pokémon. Logo na chegada, nossos viajantes já sentem um vento estranho, acreditando ser apenas um evento comum. O problema é que a ventania foi provocada pela luta dos titãs do tempo e espaço, Dialga e Palkai respectivamente, em uma outra dimensão. A luta intensa entre os dois causou sérios danos a Palkia, que foge para a nossa dimensão, mais especificadamente na cidade Álamos.
Enquanto isso, Ash e cia. conhecem Alice, que ficará como guia deles pela cidade. Depois de um belo passeio, eles chegam a um jardim totalmente destorcido e lá encontram Tônio, um pesquisador local que está investigando essas anomalias recentes na cidade. De repende, aparece o Barão Alberto que afirma que o culpado por tudo aquilo é o Pokémon sombrio Darkrai, mas mal sabe ele que Darkrai é o menor dos problemas da cidade, pois Dialga e Palkia em breve terminarão sua batalha e a arena será justamente a cidade Álamos!
Com essa história envolvente e perigosa, o filme recebeu muitas boas críticas no Japão e é considerado como o melhor ou um dos melhores pelos Poké-fãs de todo o mundo.
fonte: Mundo Pokémon Safe
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