A história

Começo do universo
As informações contidas aqui são baseadas principalmente nos Mitos de Sinnoh encontradas em Pokémon Diamond & Pearl. Esta história pode ser encontrada na Canalave Library e ser também contada pelas várias plates encontradas no jogo. Os pokémons lendários da quarta geração possuem características mais divinas.
Arceus começa a existir. Segundo o livro, no jogo, The Original Story (a história original), Arceus nasceu de um ovo em um vórtex de puro caos. Após seu nascimento, ele criou dois seres, o tempo (Dialga) e o espaço (Palkia), provenientes dele mesmo, criando o Universo, e depois mais três seres pokémon (Azelf, Uxie e Mesprit), o trio de pokémons psíquicos de lago. As lendas dizem que esse trio místico nasceu do mesmo ovo. Enquanto Arceus cai em sono profundo, a matéria é criada pelos pokémons que ele criou. Dialga controla o tempo e Palkia o espaço.
Azelf, Uxie, e Mesprit; que respectivamente representam os poderes de Deus (judeu), onipotência, onisciência e onipresença; criaram o espírito. Uxie é referido como "The Being of Knowledge", pois dizem que a sabedoria que enriquece a vida humana foi trazida com seu nascimento. Mesprit é referido como "The Being of Emotion", pois ensonou aos humanos a sentirem emoções, como exemplo, a dor da tristeza e o valor da alegria. Azelf é referido como "The Being of Willpower", pois pode pode fazer as pessoas desistirem de uma atividade ou fazê-las tentarem essa atividade repetidamente. Dizem que foi Azelf que deu a força aos humanos e que ele mantém o equilíbrio do mundo.
Acredita-se que Giratina foi criada também por Arceus e que esse pokémon vive num mundo reverso ao nosso, na borda das dimensões, onde pokémons mortos habitam. Aparece em velhos cemitérios, com o papel de levar as almas para o mundo em que vive. Após sua criação, ela desaparece em uma dimensão alternativa.
De Arceus veio Mew, o qual seria seu ajudante na criação do universo e dos pokémons, de Dialga veio Celebi, o viajante do tempo e de Palkia veio Jirachi, a estrela dos desejos.

Criação do mundo pokémon
Em Pokémon Emerald, Sapphire e Ruby, é contada a história de como os continentes e os oceanos se formaram.
No início, tudo era muito estranho e, de repente, surgiram Groudon, Kyogre e Rayquaza. Groudon é um pokémon capaz de criar grandes terremotos, fazer com que vulcões entrem em erupção e o sol brilhar mais forte e nuvens desaparecerem do céu provocando estiagem. Kyogre é um pokémon capaz de provocar grandes maremotos e tempestades. Rayquaza controla a meteorologia e normaliza o tempo.
Reza a lenda de que numa época em que não existia nada na Terra, Groudon criou os continentes, enquanro Kyogre os oceanos. Por serem massas opostas, eles entram em uma grande batalha, quase destruindo tudo o que criaram. Rayquaza, um pokémon que vive voando velozmente pela camada de ozônio, desce dos céus e intervem na batalha para terminá-la. Ele bane Groudon e Kyogre para áreas profundas da região de Hoenn.
Para derrotá-los, Rayquaza cria os três Regis e derrota os dois, adormecendo-os. A partir de então, formou-se a Pangéia e os três Regis se juntaram formando Regigigas, dividiu o continente em vários.
Mt. Coronet é criado e ao seu redor a região de Sinnoh é criada.

Pré-história
As informações aqui contidas são baseadas principalmente nos estudos de fósseis.
Há milhões de anos viviam pokémons pré-históricos, que são acreditados estar extintos atualmente. Eles podem ser revividos em laboratórios atuais através do estudo de seus fósseis. Esses pokémons são:
Helix Fossil → Omanyte
Dome Fossil → Kabuto
Old Amber → Aerodactyl
Root Fossil → Lileep
Claw Fossil → Anorith
Skull Fossil → Cranidos
Armor Fossil → Shieldon
Um fóssil de Kabutops é o mais antigo já encontrado, tendo a idade de 2 milhões de anos, isso é dito em CD Drama "The Birth of Mewtwo": Episode I (The Phantom Mew), ano 1998.
Entre 10.000 e 1.500 anos atrás, os golens lendários são selados por uma civilização antiga, cujo alfabeto é um braile visual. Cada golem foi selado em uma idade:
Era da Pedra: RegirockEra do Gelo: RegiceEra do Aço: Registeel
Há 1.500 anos, o mais antigo sistema de escrita é desenvolvido e usado nas Ruins of Alph, Tanoby Ruins e Solaceon Ruins. Arqueólogos estão atualmente em dúvida se os Unowns, praticamente idênticos a escrta, apareceram antes ou depois do sistema de escrita, mas estão certos de que existe algum tipo de conexão.

História recente
Há 700 anos atrás, Tin Tower e Brass Tower são construídos em Ecruteak City; Lugia e Ho-Oh ocupam o topo delas.
Há 150 anos atrás, Brass Tower se queima até o chão, matando três pokémons em seu interior. Lugia foge para Whirl Islands, Ho-Oh ressussita os três pokémons como bestas lendárias (Raikou, Entei e Suicune) e voa em busca do treinador de coração puro. Essa torre é a atual Burned Tower.

História contemporânea
Ocorrem logo antes dos tempos atuais, que são os dos jogos.
O primeiro homem pisa na Lua em 1969; falado em Pokémon Red & Blue.
O navio S.S. Tidal é construída nos anos 1990.
Anos antes do início de Pokémon Red & Blue, Mewtwo é clonado de Mew, depois escapa e destrói a Mansão Pokémon de Cinnabar Island e se esconde na misteriosa Cerulean Cave.